Haz agujeros por toda la carne de cerdo con un tenedor. Frota la pasta de achiote por toda la carne de cerdo y resérvala.

Mezcla el jugo de naranja, el jugo de limón, los chiles habaneros, el comino, el pimentón, el chile en polvo, el cilantro, la sal y la pimienta en un tazón grande. Coloca la carne de cerdo en la mezcla, cúbrelo y refrigéralo durante toda la noche, dándole vueltas dos o tres veces.

Precalienta el horno a 325°F (165°C). Envuelve la carne de cerdo y la marinada en papel aluminio u hojas de plátano que hayan sido remojadas en agua durante 30 minutos. Colócalo en una fuente para hornear y cubre.

Hornea durante aproximadamente 2 horas, o hasta que la carne se desprenda del hueso. Alternativamente, hornea en un horno a 200°F (95°C) durante 4-5 horas o usa una olla lenta sin el papel aluminio ni las hojas.

Mientras se cocina la carne de cerdo, lleva el vinagre de vino tinto a ebullición en una cacerola pequeña. Agrega las cebollas, reduce el fuego a medio-bajo y cocina a fuego lento hasta que estén tiernas.