Posizionare la griglia del forno a 15 cm dalla fonte di calore; preriscaldare il grill. Portare l'acqua a ebollizione in una grande padella; aggiungere la cipolla, le zucchine e le zucchine gialle. Ridurre il calore; cuocere a fuoco lento, coperto, fino a quando non saranno tenere, da 7 a 9 minuti. Scolare. Trasferire in una pirofila da un litro. Cospargere con l'origano e 1/4 di cucchiaino di sale.

In una piccola pentola, scaldare l'olio a fuoco medio. Incorporare la farina, il pepe e il restante 1/4 di cucchiaino di sale; cuocere fino a quando non si forma la schiuma, quindi incorporare il latte fino a quando non si sarà addensato, circa 2 minuti. Aggiungere il formaggio Gruyère fino a quando non si sarà sciolto; versare sopra il composto di verdure.