Placez la grille du four à 15 cm de la source de chaleur; préchauffez le gril. Portez l'eau à ébullition dans une grande poêle; ajoutez l'oignon, les courgettes et la courge jaune. Réduisez le feu; laissez mijoter, couvert, jusqu'à tendreté, 7 à 9 minutes. Égouttez. Transférez dans un plat allant au four d'une capacité d'un litre. Saupoudrez d'origan et de 1/4 de cuillère à café de sel.

Dans une petite casserole, chauffez l'huile à feu moyen. Incorporez la farine, le poivre et le reste de 1/4 de cuillère à café de sel; faites cuire jusqu'à ce que ça mousse, puis incorporez le lait en fouettant jusqu'à épaississement, environ 2 minutes. Ajoutez le fromage Gruyère jusqu'à ce qu'il soit fondu; versez sur le mélange de légumes.